Несмотря на то, что преимущества разукрупнения включают в себя акцент в приоритетах на прозрачность и управление, а также снижение возможности льготных сделок, необходимо учитывать ряд факторов, которые могут повлиять на эти ожидаемые преимущества, такие как вероятность:
- увеличения транзакционных издержек: противники разделения утверждают, что большее количество предприятий в результате разукрупнения приводит к более высоким совокупным транзакционным издержкам, поскольку внутренние обязанности, которыми когда-то управляла одна вертикально интегрированная компания, вместо этого заменяются различными (независимыми) субъектами с внешними/договорными обязанностями и обязательствами, чтобы поддержать безусловно надежное обслуживание. Увеличение числа заинтересованных сторон, участвующих в принятии решений по регулированию, также имеет тенденцию к увеличению затрат на соблюдение нормативно-правовых требований;
- потери эффекта охвата и масштаба, связанные с вертикальной интеграцией: считается, что потеря эффекта охвата возникает из-за того, что экономия, которой когда-то пользовалось вертикально интегрированное предприятие, больше не может быть получена за счет общих затрат различных сегментов бизнеса, поскольку эти сегменты были дезагрегированы на отдельные и самостоятельные субъекты со своими собственными внутренними процессами;
- повышения цен для мелких потребителей, которые предпочитают пользоваться стандартной услугой (т. е. электроэнергией от действующего энергопредприятия): этот риск возникает, когда крупные потребители отказываются от коммунального энергопредприятия и вместо этого предпочитают получать электроэнергию от конкурирующих поставщиков. Таким образом, затраты такого предприятия могут быть возмещены только за счет оставшихся мелких потребителей; и
- новых вызовов, связанных с организацией и координацией: в рамках разукрупненной структуры, где цены в значительной степени устанавливаются конкуренцией, регулирующие органы должны взять на себя новые функции по мониторингу рыночной власти и смягчению последствий. Кроме того, обеспечение надежности становится более сложной задачей, поскольку НСО должны координировать свои действия с владельцами линий передачи и множеством производителей. В дополнение к этому, появление нового рыночного игрока вызвано прежде всего динамикой рынка, которая не находится под контролем регулирующего органа или НСО.